蛋白質對熱敏感，因此，通過凍干法能使蛋白質的活性保留下來，提高蛋白的穩定性并延長保存時間，降低運費。但是，需要注意的是，凍干也有可能會造成蛋白的活性部分損失，聚集和其它變性問題。通過添加保護劑（穩定劑，添加劑，輔料）和控制凍干的各種條件，都可以降低這些負面的影響。

凍干保護劑是用來在凍干和儲存過程中保護蛋白的。一般的凍干保護劑有糖類，多元醇，聚合物，表面活性劑，某些蛋白和氨基酸等。

海藻糖可明顯阻止蛋白質二級結構改變以及凍干過程中蛋白質的伸展和聚集。甘露醇也是一種普遍應用的凍干保護劑和填充劑。有文獻報道甘露醇可以降低某些蛋白的凍干后聚集情況。